Ягодинската пещера е пещера в Родопите, България. Наречена е на намиращото се в близост село Ягодина.
Ягодинската пещера е дълга 10 км и е разположена на три етажа, от които само третият (най-нисък) е облагороден и електрифициран. За туристите в него е изградена 1100-метрова пътека. Входът и изходът към този етаж са изкуствено прокопани тунели с дължина съответно 150 и 80 м. Общата денивелация на пещерата е 36 м.
Пещерата е уникална със своите безброй сталактити, сталагмити, сталактони, „завеси“, „леопардови кожи“ (различно оцветени скални слоеве), пещерни перли. Тя има постоянна температура от 6 °C и влажност 92%.
Поради огромната обща дължина на подземните галерии в Ягодинската пещера тя е сред важните места за опазването на популациите от прилепи в региона. През различните сезони в пещерата са регистрирани общо 11 вида.
Ягодинската пещера е сред Стоте национални туристически обекта и работи целогодишно с работно време от 9 до 17 ч.
